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O artigo 18.1 do Protocolo Facultativo exige que os Estados Partes garantam a independência funcional da instituição e assegurem que a instituição seja composta por pessoal independente.

Os membros, funcionários e funcionárias  dos MNPs precisam ser pessoal e institucionalmente independentes das autoridades estatais ou de outras instituições. Isso significa que os membros e funcionários devem atuar na sua capacidade individual e somente no interesse do MNP. Consequentemente, os membros do MNP não devem agir em nome de qualquer outra parte interessada, sejam elas instituições governamentais ou não governamentais.

Na prática, os membros,  funcionários e funcionárias do MNP devem sempre ser capazes de assumir suas responsabilidade sem interferência de autoridades estatais ou qualquer outra parte interessada. O MNP deve definir suas próprias prioridades, independentemente da agenda política.

O MNP não deve realizar atividades ou incluir indivíduos que ocupem cargos (ou que estejam em licença de curto prazo) que possam ser incompatíveis com o mandato do MNP. Exemplos de tais cargos podem incluir posições no Poder Executivo e funções no sistema de justiça criminal ou na aplicação da lei. Em outras palavras, os membros não devem estar em uma posição em que possam acabar supervisionando instituições nas quais já trabalharam ou da qual já fizeram parte.

Os membros e funcionários também devem estar livres de quaisquer vínculos de lealdade pessoal com figuras políticas ou agentes das forças de segurança.

Os membros e a equipe  do MNP devem ser pessoalmente independentes e assim percebidos. Portanto, se um membro estiver atuando de forma imparcial mas for percebido como tendencioso, por motivos de afiliação política ou por um cargo ocupado, o trabalho do MNP pode acabar  sendo seriamente comprometido.

Os membros, funcionários e funcionárias devem ser protegidos de qualquer intervenção estatal ou externa no seu trabalho, e devem gozar de sólidas garantias de permanência no cargo. Isso ajudará a garantir a independência de suas ações sem consideração ou medo de perderem seus empregos. Eles também devem ser protegidos durante e depois do fim de seus mandatos contra qualquer represália relacionada a ações adotadas no curso de seu trabalho no MNP.

Nesse sentido, as diretrizes do SPT afirmam que “o Estado deve garantir a independência do MNP, não nomenado  membros que ocupem cargos que possam suscitar questões de conflito de interesses [...] Os membros do MNP devem também garantir que não ocupem ou adquiram posições que suscitem questões de conflitos de interesse."